Ponyo es la historia de una niña-pez que por alguna razón está como en una especie de incubadora junto con sus miles de hermanas. Un brujo tiene el control de esta burbuja de cultivo, pero un día, por accidente, uno de los peces se escapa y un niño la encuentra y la pone en una cubeta. La adopta y le promete hacerse cargo de ella, la nombra Ponyo. El niño tiene una herida en la mano, y el pez en agradecimiento, lame su herida y lo cura de inmediato.
El brujo va en busca de su "hija-pez" y la lleva de nuevo a las profundidades del océano. Pero Ponyo, que ya ha probado la sangre humana al lamer aquella herida, empieza a desear ser igual que su amigo. Un día dice: quiero tener piernas, brazos, manos y se convierte, mágicamente, en una niña. Sus hermanas peces la ayudan a salir de la prisión océanica y la llevan en busca de su amigo.
